2015年，广东省启动高水平大学建设，为适应学校高水平大学建设需求，结合华南师范大学数学学科实际，学校决定以数学交叉学科为突破口，参考国际上数学研究所建设经验，建设华南数学应用与交叉研究中心（以下简称中心）。中心于2017年成立，成立初期为华南师范大学独立二级科研机构，于2021年转设为校级科技类科研平台，整体并入数学科学学院。作为独立科研机构期间，学校兼职聘任国际数学家大会45分钟邀请报告人、ICCM金奖获得者辛周平教授为中心主任，全职聘任丁时进教授为中心常务副主任，兼职聘任国际工业与应用数学大会1小时报告人、冯康奖获得者王筱平教授为学术委员会主任，兼职聘任国际数学家大会45分钟邀请报告人、冯康奖获得者包维柱教授为交叉学科负责人。中心通过邀请访问学者、主办学术会议、学术报告等方式，加强与国内外数学学术交流，在国内形成品牌效应，在团队建设、科学研究方面对华南师范大学数学学科的发展提供了重要的支撑。